【第二季】利用微生物培養(yǎng)基的景觀來(lái)預(yù)測(cè)新的有機(jī)體媒體配對(duì)

上述（A）的生態(tài)和（b）對(duì)物種進(jìn)化之間的距離是作圖品種對(duì)共享至少一個(gè)中等DSMZ每個(gè)生態(tài)系統(tǒng)發(fā)育或距離內(nèi)倉(cāng)的比例。氣泡區(qū)域被縮放到在每個(gè)倉(cāng)生物體對(duì)的數(shù)目。任何生態(tài)/進(jìn)化距離共享一個(gè)實(shí)驗(yàn)室介質(zhì)的隨機(jī)生物體對(duì)的級(jí)分由水平藍(lán)色線(xiàn)表示，以供參考。距離指的是由Greengenes數(shù)據(jù)庫(kù)（生態(tài)）生態(tài)共同成長(zhǎng)或子樹(shù)距離的杰卡德指標(biāo)決定。

除了精確匹配的媒體如剛才所描述的，我們測(cè)試這些協(xié)會(huì)是否也持有實(shí)驗(yàn)室介質(zhì)之間部分匹配。我們考慮兩種生物具有局部介質(zhì)匹配，如果兩種生物的**匹配介質(zhì)的比較（或者從所有的列出媒體成分的工會(huì)形成的套）超過(guò)指定的相似性閾值。實(shí)際上，在一定范圍的閾值，并與這些指標(biāo)的所有組合，都保持媒體相似性和生態(tài)或系統(tǒng)發(fā)生關(guān)聯(lián)之間的相關(guān)性。這些關(guān)聯(lián)不僅表明生態(tài)或系統(tǒng)發(fā)生數(shù)據(jù)可以是在指導(dǎo)上已知的實(shí)驗(yàn)室媒體生物體的培養(yǎng)有幫助的，但是，重要的是，這些數(shù)據(jù)可以用于確定媒體可能子集開(kāi)發(fā)新穎的培養(yǎng)基制劑時(shí)，以包括對(duì)于給定的生物體是可用。

通過(guò)預(yù)測(cè)新的傳遞生物體媒體配對(duì)

在邏輯和數(shù)學(xué)的基本屬性是一個(gè)給定的關(guān)系R的潛力傳遞;也就是說(shuō)，當(dāng)R是傳遞的，那么（ARB和BRC）意味著（ARC）。為了更好地了解KOMODO微生物生長(zhǎng)的已知模式，我們要求財(cái)產(chǎn)“媒體共享有機(jī)體”是傳遞的。為了驗(yàn)證這一點(diǎn)，我們搜索了涉及三個(gè)生物A，B和C，其中它被賦予A和B在一定介質(zhì)（M1），B和C另一種介質(zhì)上一起成長(zhǎng)的共同成長(zhǎng)生長(zhǎng)介質(zhì)模式科莫多數(shù)據(jù)（M2）和C長(zhǎng)出了第三介質(zhì)（M3上;參見(jiàn)圖4A）。鑒于這種模式，并假設(shè)傳遞，我們預(yù)測(cè)，生物體將更有可能比隨機(jī)選擇的機(jī)體上立方米增長(zhǎng)（詳見(jiàn)方法）。出于這樣1000的測(cè)試中，我們發(fā)現(xiàn)694正傳遞（即，記錄生長(zhǎng)）與實(shí)例只有11,000隨機(jī)選擇的生物體之間陽(yáng)性病例。這一結(jié)果強(qiáng)烈表明媒體偏好確實(shí)傳遞（二項(xiàng)式P <1E-186）。

英文原文：

Figure 3: Media usage is correlated with ecological and phylogenetic similarity.

The (a) ecological and (b) phylogenetic distances between pairs of species are plotted versus the fraction of species pairs within each ecological or phylogenetic distance bin that share at least one DSMZ medium. Bubble areas are scaled to the number of organism pairs in each bin. The fraction of random organism pairs of any ecological/phylogenetic distance sharing a lab medium is shown by the horizontal blue line, for reference. Distances are determined by a Jaccard metric of ecological co-growth in Greengenes database (ecological) or by subtree distance (phylogenetic; Methods).