利用微生物培養(yǎng)基的景觀來(lái)預(yù)測(cè)新的有機(jī)體媒體配對(duì)

KOMODO的內(nèi)容被示出:

（a）該數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)，示出主要表和信息點(diǎn)如何連接的地圖。

（b-d）的生物體，培養(yǎng)基和營(yíng)養(yǎng)成分存在于數(shù)據(jù)庫(kù)中的號(hào)碼。種子是指模型種子數(shù)據(jù)庫(kù)16;看到KOMODO網(wǎng)站和方法的更多細(xì)節(jié)。

KOMODO揭示了媒體和復(fù)合使用全球格局

在KOMODO媒體使用和組成的典型模式可以揭示微生物營(yíng)養(yǎng)的基本趨勢(shì)，以及差距和調(diào)查偏見(jiàn)。為了獲得這些關(guān)系的概述，我們建部分，媒體和生物分布直方圖整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)（圖2a-d）。我們觀察到整個(gè)生物體跨越媒體組件使用，和介質(zhì)的使用都遵循冪律，這表明一個(gè)'富人變得更加富有“結(jié)構(gòu)表型和元件用途的分配（圖2a，2b）。這種結(jié)構(gòu)可能反映了趨同生物體之間的營(yíng)養(yǎng)需求，在這種“成功”的媒體選擇了人類(lèi)調(diào)查，或兩者生物體的優(yōu)惠方式。

（a）在媒體組件的分布。這包括定義和復(fù)雜/不確定的成分，其中，不確定的成分被分組到其復(fù)雜的類(lèi)別和各類(lèi)別中存在的培養(yǎng)基計(jì)為一個(gè)組件。

（b）由生長(zhǎng)在這些生物的多家媒體分布。

（c）生物體生長(zhǎng)在媒體的數(shù)量分布。

（d）使它們內(nèi)部組件的數(shù)目的媒體分布。知名媒體的的pH值分布。

（e）紅色方塊A和B表示用于功法配合垃圾箱。

（f）跨屬40個(gè)最常用的媒體組件。此處列出離子典型地加入到媒體鹽，其中我們假設(shè)完全離解在溶液中（例如，MgCl2的變?yōu)殒V2+和Cl-）。

組件被分成四組：生物常見(jiàn)離子/化合物，微量金屬/準(zhǔn)金屬，維生素/輔酶等。在每個(gè)組中，組件被他們跨越屬使用頻率的順序排列，從多到少。留下的條形圖是平均濃度橫跨KOMODO在媒體的每個(gè)組件的，在日志10（摩爾濃度）為單位列出的列表。組件是屬'差'，如果它出現(xiàn)在媒體在該屬一些菌株，而不是其他。